Vid bipolär jonisering använder man sig av en metod som ger både plus- och minusjoner i luften. Den utvecklades först för att efterlikna förhållanden i naturen, men inomhus (Ca lika mängder plus- och minusjoner bland alla neutrala molekyler och atomer i luften).
Bipolär jonisering har en risk att ackumulera små mängder ozon som emitteras vid jonproduktionen. Man måste därför sörja för en mycket god ventilation, eller inte vistas i stängda utrymmen med dålig luftväxling då den är i drift. Med bipolär jonisering finns hälsoaspekter att ta hänsyn till.
Det är skillnad på bipolär jonisering och ozonering. Vid ozonering är verkningsdelen främst ozon som är mycket skadlig inte bara för bakterier, virus och andra mikroorganismer, utan även för människor och djur vid högre halter.
Vid bipolär jonisering anses ozonet vara en skadlig sekundärprodukt som ska minimeras.